Історія кафедри розпочинається з 1997 року, коли кафедру дитячих хвороб реорганізували в дві кафедри: кафедру факультетської педіатрії (нині кафедра педіатрії № 1 із неонатологією) та кафедру госпітальної педіатрії. Очолила кафедру факультетської педіатрії доктор медичних наук, професор Траверсе Г.М., яка була завідувачкою до 2011 року.
Науково-дослідна робота кафедри в цей час спрямована на вивчення аспектів природного вигодовування та проблем бронхолегеневої захворюваності у дітей раннього віку.
В 2006 році відбулося об’єднання кафедри факультетської педіатрії з кафедрою пропедевтики дитячих хвороб з доглядом за дітьми (зав.кафедри д.мед.н., професор Фесенко М.Є.) і кафедра реорганізована в кафедру педіатрії № 1 з пропедевтикою педіатрії.
В 2009 році до складу кафедри приєднався курс дитячих інфекційних хвороб і кафедра одержує назву педіатрії №1 з пропедевтикою, неонатологією та курсом дитячих інфекційних хвороб.
В 2012 році наказом ВДНЗУ «УМСА» № 183 від кафедри від’єднано курс дитячих інфекційних хвороб і реорганізовано в кафедру педіатрії №1 з пропедевтикою та неонатологією.
З метою оптимізації організації освітнього процесу в Полтавському державному медичному університеті, у звязку з започаткуванням провадження освітньої діяльності за новими освітньо-професійними програмами наказом № 136 від 01.07.2022 назву кафедри змінено на педіатрія №1 із неонатологією.
З 2010 року по 2017 рік кафедрою завідував доктор медичних наук, професор Похилько В.І. Основним напрямком наукових досліджень кафедри в цей час є вивчення патології новонароджених дітей.
З 2017 року кафедру очолила доцент Цвіренко С.М.
У нинішній час штат кафедри складають: завідувачка кафеди - доцент Цвіренко С.М., професор Похилько В.І.; доценти - Фастовець М.М., Гасюк Н.І., Соловйова Г.О., Чернявська Ю.І.; асистенти - Козакевич В.К., Жук Л.А., Мелащенко О.І, Волошина В.М.; старші лаборанти - Руднік О.В., Романенко Н.М., лаборант Михалицька С.П., підсобні робітники - Коноваленко В.І., Шишенко Г.С.